Construído em 1797 por um dos mais conceituados organeiros activos em Lisboa – Joaquim António Peres Fontanes (1750-1818) -, o órgão da Igreja de S. José é o maior e mais importante órgão histórico português do arquipélago dos Açores. Encomendado pelos frades do então Convento de S. Francisco, foi recebido com um “Sermão de Acção de Graças pela feliz chegada do Orgão” na noite de Natal de 1799, no qual se apelava à generosidade da nobreza local para o custo do órgão, no valor de doze mil cruzados. Foi colocado em tribuna própria nas primeiras arcadas do lado esquerdo da nave central, de forma a acompanhar os frades cantores no coro alto. Foi removido para o seu espaço actual – coro alto – na década de quarenta do século XX.
Esteticamente, destaca-se pela sua bonita caixa em formato piramidal com tons dourados e verdes, encimada por um resplendor com uma pomba branca ao centro, sob o qual se apresenta o símbolo da ordem franciscana.
O órgão da Igreja de S. José é um belo exemplar da organaria portuguesa de finais do século XVIII e início de XIX. No contexto dos órgãos históricos dos Açores, é um órgão de grandes dimensões. Tem um total de 24 registos (22 meios-registos e 2 registos inteiros) distribuídos num someiro duplo (someiro de “cheios” e de “fundos”), uma concepção que permite, através de um pedal accionado pelo organista – pedal anulador de cheios – a mudança rápida e eficaz entre planos sonoros contrastantes como forte e piano. Destacam-se os seis-meios registos de palheta, de sonoridade penetrante e incisiva, quatro dos quais com os tubos dispostos horizontalmente na fachada e nas laterais (a presença de tubos na lateral é uma reminiscência da posição original do instrumento). Tem um teclado manual com 51 notas (Dó1-Ré5), com divisão de registos entre o Dó3 e o Dó#3, uma pedaleira de doze notas (Dó1-Si1) acoplada à oitava grave do teclado, situação única nos Açores e pouco vulgar no continente português, além de um acessório com efeito de tambor, com as notas Ré e Lá. O órgão de S. José apresenta ainda dois registos solistas da mão direita, típicos da época: Corneta inglesa de cinco filas (8.ª – 12.ª – 15.ª – 17.ª – 19.ª) e Voz humana.
O órgão Peres Fontanes da Igreja de S. José foi paragem obrigatória para os melómanos que visitavam a ilha e presença assídua nas festividades religiosas até ao início do século XX, altura em que o harmónio se disseminou pelas igrejas da diocese de Angra. O padre Silvestre Serrão – o mais importante compositor da segunda metade do século XIX, nos Açores – contactou com este órgão entre as décadas de 40 e 60 do século XIX. Dominando alguma prática de organaria, foi responsável por algumas alterações ao órgão de S. José, as quais, não sendo estruturais, reflectem a tendência da época: aumento da extenção do teclado para 56 teclas (Dó1-Sol5) e introdução de pedais para activar os registos de palheta. Estas alterações associadas ao padre Silvestre Serrão ainda eram visíveis no órgão na década de oitenta do século XX.
O órgão da Igreja de S. José foi restaurado em 1995 pelo organeiro Dinarte Machado. Por opção, foram extraídos os elementos adicionados por Silvestre Serrão, numa clara correspondência entre autenticidade e originalidade, resultando num restauro de indiscutível qualidade que devolveu à comunidade a belíssima sonoridade daquele órgão.
Em 2015, o mesmo organeiro procedeu a uma revisão do instrumento. Desde 2005 que o órgão da Igreja de S. José tem uma organista titular. Toca assiduamente em todas as celebrações litúrgicas dominicais (por vezes algumas feriais, também), acompanhando o Coral de S. José na sua formação litúrgica, bem como noutras festividades civis, sociais e culturais e é tido como elemento integrante do património da igreja.